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Il funzionamento della centrifuga è basato sulla differenza di peso specifico tra le sostanze che devono essere divise.
La separazione avviene all'interno di un contenitore cilindrico-conico chiamato tamburo, fatto ruotare ad alta velocità da un motore elettrico in modo da elevare migliaia di volte la forza di gravità.
Il prodotto da trattare viene immesso per mezzo del tubo di alimentazione nella centrifuga e la rotazione del tamburo fa depositare sulle pareti interne il solido, mentre il liquido forma un anello all'interno, il cui spessore è determinato dalla posizione dei livelli di fuoriuscita, attraverso i quali uscirà chiarificato.
La coclea ha la funzione di trasportare all'esterno il prodotto solido, che poi sarà scaricato da un sistema di evacuazione.
Per la separazione di alcuni tipi di solidi si rende necessario l'utilizzo di polielettroliti, che facilitano la divisione.